生态环境损害赔偿磋商制度中存在着平等协商的理念，这体现了私法自治的特点，但如果仅从私法角度解释该项制度显然不能真正体现该制度内涵，存在解释力不足的问题。现代行政管理职能演变的轨迹昭示，协商方式并不是私法领域所独有的解决争议的方式，行政机关在解决现代公共性问题时，已然逐步采用了包括协商在内的新的行政管理手段。生态环境损害赔偿制度是以政府为主导的，双方当事人就生态环境损害赔偿相关问题进行协商，目的是通过平等对话的方式，合作解决环境问题。在生态环境损害赔偿磋商的过程中，应当合理把握行政赋权和行政控权的关系，既要赋予行政机关一定程度的裁量权，最大限度地维护公共利益，又要从内外部两个方面对行政机关进行控权和监督，防止行政权滥用造成协商的不平等和严重失衡。同时，要在法律上完善生态环境损害赔偿磋商制度，真正体现该制度的独特优势。